De belangrijkste wijzigingen in de Loonbelasting zijn de volgende.

Heffingskortingen
Werknemers hebben bij opname uit de levensloopregeling recht op een bijzondere heffingskorting, de levensloopverlofkorting. Deze is gelijk aan het opgenomen bedrag uit de levensloopregeling tot een maximum van € 199 per gespaard kalenderjaar.
Werknemers van 61 jaar en ouder hebben voor hun opname uit de levensloopregeling met ingang van dit jaar geen recht meer op de arbeidskorting, de aanvullende alleenstaande-ouderkorting en de doorwerkbonus.

Auto van de zaak
Vanaf 1 januari 2010 zijn er vijf bijtellingspercentages voor een auto van de zaak:
1. 0% voor auto’s zonder CO2-uitstoot;
2. 14% voor zeer zuinige auto's;
3. 20% voor zuinige auto's;
4. 35% voor auto’s van 15 jaar en ouder;
4. 25% voor alle andere auto’s.
De grondslag voor de bijtelling is de catalogusprijs van de auto inclusief BPM. Voor auto’s van 15 jaar en ouder is de waarde in het economische verkeer de grondslag voor de bijtelling.

Vakantiebonnen
De waarde van volgens de CAO verstrekte vakantiebonnen en daarmee overeenkomende aanspraken wordt met ingang van 1 januari 2010 gesteld op 99% van de nominale waarde.

Pseudo-eindheffing backservice voor hoge inkomens
Met ingang van 1 januari 2010 moet de werkgever over de backservice bij pensioenopbouw op basis van een eindloonstelsel 15% belasting afdragen als het nieuwe pensioengevend loon hoger is dan € 519.000. Het maakt niet uit of de backservice ontstaat door een salarisstijging bij dezelfde werkgever of door een salarissprong bij de overstap naar een nieuwe werkgever.

Kleinebanenregeling
Voor het kalenderjaar 2010 geldt de kleinebanenregeling voor werknemers jonger dan 23 jaar die niet meer dan € 600 per maand verdienen. Voor deze werknemers hoeven geen premies werknemersverzekeringen en geen inkomensafhankelijke bijdrage voor de Zorgverzekeringswet betaald te worden. Wel moet normaal loonheffing worden ingehouden. Voor jongere werknemers gelden lagere maximumbedragen.

Stamrechtbanksparen
Vanaf 1 januari 2010 kan een ontslagvergoeding in de vorm van een stamrecht niet alleen bij een verzekeraar of een eigen BV worden ondergebracht maar ook bij een bank of een beleggingsinstelling. De ontslagvergoeding moet dan worden gestort op een geblokkeerde spaar- of beleggingsrekening. Bij gebruikmaking van de stamrechtvrijstelling is de ontslagvergoeding vrij van loonbelasting maar zijn de toekomstige uitkeringen uit het stamrecht belast.

Gebruikelijk loon
De gebruikelijkloonregeling is met ingang van 1 januari 2010 niet meer van toepassing als het gebruikelijk loon niet hoger is dan € 5.000 per jaar. In deze gevallen hoeft er alleen dan een
loonadministratie te worden gevoerd als de BV feitelijk loon betaalt. Het reguliere gebruikelijke loon bedraagt in 2010 € 41.000.

Aangifte loonheffingen dga
BV’s die geen andere werknemers in dienst hebben dan één of meer (dga’s) kunnen voortaan eenmaal per jaar aangifte doen voor de loonheffingen. Die aangifte moet in de maand januari gedaan worden. De dga‘s mogen niet verzekerd ziijn voor de werknemersverzekeringen.

Afdrachtvermindering speur- en ontwikkelingswerk
De afdrachtvermindering van loonbelasting voor werknemers die speur- en ontwikkelingswerk (S&O) verrichten, is voor 2010 verruimd. De afdrachtvermindering S&O bedraagt 50% van het S&O-loon tot € 220.000 en 18% over het meerdere. Het S&O-loon is het verwachte aantal S&O-uren vermenigvuldigd met het gemiddelde S&O-uurloon.