Voor het in behandeling nemen van een aanvraag voor een bouwvergunning brengt de gemeente leges in rekening. De hoogte van de leges is afhankelijk van de geschatte bouwkosten. Wanneer voor een bouwvergunning het bestemmingsplan moet worden gewijzigd of wanneer een vrijstelling van het bestemmingsplan wordt aangevraagd, worden extra leges in rekening gebracht door de gemeente. Wordt vervolgens het bouwplan zodanig gewijzigd dat een nieuwe aanvraag voor een bouwvergunning nodig is, dan brengt de gemeente nogmaals leges in rekening. Is ook voor het gewijzigde bouwplan ontheffing nodig van het bestemmingsplan, dan zal de gemeente ook voor die vrijstelling nogmaals leges in rekening brengen.
Volgens de Hoge Raad heeft een vrijstelling van het bestemmingsplan betrekking op een bepaald bouwplan en is deze niet van toepassing op vergunningaanvragen voor andere bouwplannen. Wanneer met toepassing van de vrijstelling een bouwvergunning is verleend voor een bouwplan, mag op basis van deze vrijstelling nadien geen bouwvergunning worden verleend voor een nieuw bouwplan.
In een geval waarin Hof Arnhem had vastgesteld dat de wijziging van een bouwplan van dien aard was dat een nieuwe bouwvergunning moest worden aangevraagd, was ook het aanvragen van een nieuwe vrijstelling nodig.